Segera setelah pecahnya gerakan pertama di Suabia, Thomas Muenzer lagi-lagi bergegas ke Thuringia, dan sejak akhir bulan Pebruari dan pada awal bulan Maret, ia mendirikan kantornya di kota kaisar yang merdeka di Muehlhausen, di mana partainya lebih kuat daripada di mana pun. Ia memegang benang-benang penghubung dari seluruh gerakan itu di tangannya. Ia tahu badai apa yang akan pecah di Jerman Selatan, dan ia bertekad untuk membuat Thuringia menjadi pusat gerakan untuk Jerman Utara. Ia mendapatkan tanah yang sangat subur. Thuringia, yang merupakan gelanggang utama gerakan Reformasi, sedang dicekam oleh keresahan yang hebat. Penderitaan ekonomi dari para petani yang tertindas, seperti juga halnya dengan doktrin revolusioner, agama, dan politik pada waktu itu, juga telah membuat siaga provinsi-provinsi tetangganya, Hesse, Saxony, dan daerah Harz, untuk melakukan pemberontakan umum. Di Muehlhausen sendiri, seluruh massa kelas menengah telah terebut hatinya oleh dotrin Muenzer yang ekstrem, dan nyaris tidak sabar menunggu saat ketika mereka akan memaksanakan keunggulan diri mereka dalam jumlah untuk melawan para anggota dewan yang terhormat dari kaum bangsawan yang angkuh itu. Agar supaya tidak memulai sebelum saat yang tepat, Muenzer terpaksa muncul untuk berperan sebagai moderator atau penengah, tetapi muridnya, Pfeifer, yang memimpin gerakan di sana, menyatakan diri sampai sedemikian jauh bahwa ia tidak akan menahan pecahnya pemberontakan itu, sehingga pada tanggal 17 Maret 1525, sebelum pemberontakan umum di Jerman Selatan, Muehlhausen telah memiliki pemberontakannya sendiri. Dewan patricia yang lama digulingkan, dan pemerintah diserahkan ke “dewan abadi” yang baru saja dipilih, dengan Muenzeer sebagai presiden.
Hal terburuk yang dapat menimpa pemimpin partai ekstrem adalah dipaksa untuk mengambil alih pemerintahan dalam jaman ketika gerakan itu belum matang untuk berdominasinya kelas yang ia wakili dan untuk mewujudkan langkah-langkah yang akan menyiratkan dominasi itu. Apa yang dapat ia lakukan itu bukan tergantung pada kemauannya tetapi pada tajam tidaknya benturan kepentingan di antara berbagai kelas, dan pada tinggi rendahnya derajat perkembangan dari sarana materi untuk eksistensinya, pada hubungan produksi dan sarana komunikasi yang menjadi dasar dari benturan kepentingan di antara berbagai kelas yang terjadi setiap saat. Apa yang harus dilakukan, dan apa yang dituntut partainya darinya, lagi-lagi tidak tergantung padanya, atau tergantung pada tinggi rendahnya derajat perkembangan dari perjuangan kelas itu beserta kondisi-kondisinya. Ia terikat pada doktrin-doktrinnya, dan tuntutan-tuntutan yang sampai sekarang dikemukakan itu tidaklah ke luar dari saling hubungan di antara kelas-kelas sosial pada suatu saat tertentu, atau dari tingkat hubungan dan sarana komunikasi yang sedikit banyak bersifat kebetulan, tetapi dari wawasannya yang sedikit banyak dapat menembus ke dalam hasil secara umum dari gerakan politik dan sosial itu. Dengan demikian, ia harus menyadari bahwa dirinya ada dalam dilema. Apa yang dapat dilakukannya ternyata berlawanan dengan semua tindakannya yang dipraktekkan sampai sekarang ini, dengan semua prinsip-prinsip, dan dengan kepentingan partainya pada saat ini; apa yang harus dilakukannya ternyata tidak tercapai. Singkatnya, ia dipaksa untuk mewakili bukan partainya atau bukan kelasnya, tetapi kelas yang sudah matang untuk berdominasi pada kondisi-kondisi pada waktu itu. Demi kepentingan gerakan itu sendiri, ia dipaksa untuk membela kepentingan kelas yang asing, dan untuk menyuapi kelasnya sendiri hanya dengan ungkapan-ungkapan kata-kata dan janji-janji belaka, dan untuk menyatakan bahwa kepentingan-kepentingan kelas yang asing itu juga merupakan kepentingan mereka sendiri. Siapa pun yang menempatkan dirinya dalam posisi yang canggung ini pastilah akan binasa. Kita telah melihat contoh-contoh dari hal ini dalam waktu-waktu terakhir ini. Kita tidak hanya diingatkan tentang posisi yang diambil dalam pemerintahan sementara Prancis oleh para wakil proletariat, meskipun mereka hanya mewakili proletariat dalam tingkat perkembangannya yang sangat rendah. Siapa pun yang masih mengharapkan posisi resmi setelah menjadi terbiasa dengan pengalaman-pengalaman dari pemerintahan bulan Pebruari — belum lagi kalau disebutkan para wakil raja dan pemerintahan-pemerintahan sementara Jerman dari para bangsawan kita sendiri — dapat dikatakan luar biasa bodohnya, atau paling-paling hanya untuk basa-basi saja buat partai revolusioner yang ekstrem.
Posisi Muenzer di bagian terdepan dari “dewan abadi” di Muehlhausen ini benar-benar jauh lebih berbahaya daripada kedudukan wakil revolusioner modern mana pun. Tidak hanya karena gerakan itu belum matang pada jamannya, tetapi juga belum matang pada abad itu secara keseluruhan, yakni, belum matang untuk mewujudkan ide-ide yang baginya sendiri baru mulai meraba-rabanya. Kelas yang diwakilinya tidak hanya belum cukup berkembang sehingga belum mampu menundukkan dan mentransformsi atau mengubah bentuk seluruh masyarakat itu, tetapi baru merupakan awal dari kemunculannya. Transformasi sosial yang ia lukiskan dalam fantasinya itu begitu sedikit berakar ke dalam kondisi ekonomi yang ada pada waktu itu sehingga yang belakangan, yaitu kondisi ekonomi yang ada pada waktu itu, merupakan persiapan untuk munculnya sistem sosial yang bertentangan sama sekali dengan yang diimpikannya. Meskipun demikian, ia terikat pada khotbah-khotbahnya tentang persamaan Kristen dan kepemilikan masyarakat yang sesuai dengan Injil. Paling tidak, ia terpaksa berusaha untuk mewujudkannya. Masyarakat dengan kepemilikan bersama, tugas bekerja yang universal dan setara, serta dihapuskannya penguasa pun diproklamasikan. Dalam kenyataannya, Muelhausen tetap menjadi kota kaisar yang republiken dengan konstitusi yang agak demokratis, yang senatnya dipillih melalui hak pilih yang universal dan di bawah kendali sebuah forum, dan dengan pemberian makan kepada orang miskin yang secara tergesa-gesa dilakukan dengan improvisasi. Perubahan sosial, yang begitu menakutkan bagi orang-orang yang seangkatan dengan kelas menengah Protestan pada waktu itu, dalam kenyataannya tidak pernah berjalan di luar upaya yang lemah dan tidak disadari secara prematur untuk mendirikan masyarakat borjuis pada periode berikutnya.
Muenzer sendiri tampaknya telah menyadari adanya jurang yang lebar dan sangat dalam antara teori dan kenyataan-kenyataan di sekitarnya. Jurang ini tentunya telah dirasakan sehingga semakin tajam orang memandang pendapat jenius ini tentang adanya keharusan itu, semakin berbeda pula tampaknya, dan memang itulah yang tercermin dalam kepala massa dari para pengikutnya. Ia melemparkan dirinya ke dalam gerakan mirip organisme yang melebar dengan semangat yang bahkan bagi dirinya pun langka. Ia menulis surat-surat dan mengirimkan utusan ke segala penjuru. Surat-surat dan khotbah-khotbahnya bernafaskan fanatisme yang menakjubkan jika dibandingkan dengan tulisan-tulisannya yang terdahulu. Tenggelam sama sekali ke dalam suatu masalah itu merupakan humor anak muda yang naïf dari pamflet-pamflet yang dibuat oleh Muenzer. Bahasa yang tenang dan yang mengandung perintah atau ajaran dari ahli pikir, yang merupakan ciri yang begitu khas darinya ini, ternyata tidak muncul lagi. Muenzer sekarang sepenuhnya menjadi semacam nabi revolusi. Tidak henti-hentinya ia mengipasi nyala api permusuhan terhadap kelas-kelas yang berkuasa. Ia memacu nafsu yang paling liar, dengan menggunakan istilah-istilah ungkapan yang keras seperti igauan para tokoh agama maupun para tokoh nasionalis yang dimasukkan ke dalam mulut para nabi dalam kitab Perjanjian Lama. Gaya dari cara kerjanya sendiri ini mengungkapkan tingkat pendidikan masyarakat yang harus ia pengaruhi. Contoh dari Muehlhausen dan propaganda dari Muenzer ternyata telah mempunyai pengaruh yang cepat dan berjangkauan jauh. Di Thuringia, Eichsfeld, Harz, dan di daerah-daerah Saxon yang dikuasai oleh para bangsawan, di Hesse dan Fulda, di Franconia Hulu dan di Vogtland, para petani bangkit, berkumpul dalam berbagai pasukan, dan membakar istana-istana dan biara-biara. Muenzer sedikit banyak sudah diakui sebagai pemimpin seluruh gerakan itu, dan Muehlhausen tetap menjadi titik pusatnya, sedangkan di Erfurt, suatu gerakan yang murni kelas menengah itulah yang menjadi pemenang, sehingga partai yang berkuassa di sana selalu tetap mempertahankan sikapnya yang tidak menentu terhadap para petani.
Di Thuringia, para pangeran pada mulanya hanya menjadi tak berdaya dan tak bertenaga dalam hubungannya dengan para petani seperti mereka yang ada di Franconia dan Suabia. Hanya selama hari-hari terakhir dari bulan April saja, Bangsawan dari Hesse berhasil dalam mengerahkan sebuah pasukan. Bahkan bangsawan yang sama, yaitu Bangsawan Philipp, yang kesalehannya begitu banyak dipuji oleh sejarah borjuis dan Protestan di jaman Reformasi, tetapi, yang keburukan-keburukannya terhadap para petani juga sangat terkenal itu, juga akan kita katakan sekarang ini. Dengan serangkaian gerakan yang cepat dan tindakan yang menentukan, Bangsawan Philipp berhasil menguasai bagian terbesar dari tanahnya. Ia mengerahkan kontingen-kontingen baru, dan kemudian bergerak ke daerah Biara Fulda, yang sampai sekarang ini penguasanya merupakan atasannya. Pada tanggal 3 Mei, ia mengalahkan pasukan petani Fulda di Frauenberg, menguasai seluruh tanah itu, dan merebut kesempatan tidak hanya untuk membebaskan dirinya dari kekuasaan kepala biara itu, tetapi juga untuk membuat biara itu menjadi daerah kekuasaan Hesse, tentu saja, sambil menunggu sekularisasi selanjutnya. (Sekularisasi = perihal menggunakan sesuatu untuk kepentingan duniawi.) Kemudian ia merebut Eisenach dan Langensalza, dan bersama-sama dengan pasukan Saxon, bergerak ke markas pemberontak di Muehlhausen. Muenzer mengumpulkan pasukannya di Frankenhausen sebanyak 8.000 orang dengan beberapa meriam. Pasukan Thuringia masih jauh dari memiliki kekuatan bertempur seperti yang telah dikembangkan oleh pasukan Suabia dan Franconia dalam pertempuran mereka melawan Truchsess. Orang-orang itu menyedihkan persenjataannya dan buruk pula kedisiplinannya. Mereka hanya memiliki sedikit saja orang-orang bekas tentara di tengah-tengah mereka, dan sangat kurang kepemimpinannya. Tampaknya Muenzer tidak mempunyai pengetahuan militer apa pun. Meskipun demikian, para pangeran juga merasa sudah semestinya di sini untuk menggunakan taktik yang sama seperti yang begitu seringnya menolong Truchsess untuk mencapai kemenangan meskipun dengan melanggar janji. Pada tanggal 16 Mei, mereka mengadakan perundingan, yang menyepakati gencatan senjata, tetapi segera menyerang para petani sebelum waktu gencatan senjata itu berlalu.
Muenzer berdiri dengan orang-orangnya di pegunungan yang masih disebut Gunung Pertempuran (Schlachtberg), dengan parit di belakang barikade gerobak-gerobak. Turunnya semangat di kalangan pasukan itu pun dengan cepat meningkat. Para bangsawan menjanjikan amnesti kalau mereka bersedia menyerahkan Muenzer dalam keadaan hidup. Muenzer mengumpulkan orang-orangnya dalam bentuk sebuah lingkaran, untuk melawan usulan para bangsawan. Seorang ksatria dan seorang pastor menyatakan diri mereka setuju untuk menyerah. Muenzer memerintahkan kedua orang itu untuk dibawa ke tengah lingkaran, dan dipenggal kepalanya. Tindakan dari kekuatan teroris, yang disambut dengan sorak-sorai oleh kaum revolusioner yang suka berterus terang ini, mengakibatkan pasukan itu terhenyak sejenak, tetapi sebagian terbesar dari orang-orang itu sebenarnya sudah akan melarikan diri tanpa memberikan perlawanan, kalau saja para serdadu sewaan kaum bangsawan tidak ada di sana, dan mengepung seluruh pegunungan itu, sambil terus mendekat dan merapat, walaupun ada kesepakatan gencatan senjata. Melihat kedatangan musuh, sebuah garis depan pun secara tergesa-gesa dibentuk di belakang gerobak-gerobak, tetapi meriam dan bedil sudah diberondongkan ke arah para petani yang nyaris tak dapat mempertahankan diri lagi, dan tidak biasa berkelahi ini, sehingga para serdadu sewaan pun segera menjangkau barikade itu. Setelah memberikan perlawanan sebentar, barisan gerobak itu sudah terpatahkan, meriam-meriam petani pun terebut, dan para petani pun bubar, bercerai-berai. Mereka melarikan diri secara liar dan tidak keruan, sehingga jatuh ke tangan pasukan pengepungnya, termasuk pasukan berkuda, yang segera melakukan pembantaian secara besar-besaran terhadap mereka. Dari 8.000 orang petani itu, lebih dari 5.000 orang yang disembelih. Yang masih selamat tiba di Frankenhaus, dan yang secara serempak bersama-sama dengan mereka, adalah pasukan berkuda para bangsawan. Kota itu direbut. Muenzer, yang luka di kepalanya, ditemukan di sebuah rumah dan ditangkap. Pada tanggal 25 Mei, Muehlhausen juga menyerah. Pfeifer, yang tetap ada di sana, melarikan diri, tetapi akhirnya tertangkap di daerah Eisenach.
Muenzer disiksa di depan para bangsawan, dan kemudian dipenggal kepalanya. Ia menghadapi kematiannya dengan keberanian yang sama seperti ketika ia menjalani hidupnya. Ia nyaris belum berumur dua puluh delapan tahun ketika dihukum mati. Pfeifer, dengan yang lain-lainnya, juga dihukum mati. Di Fulda, orang suci itu, Philipp dari Hesse, telah membuka sidang pengadilan yang berlumuran darah. Ia dan Pangeran Hesse memerintahkan kepada banyak orang lainnya untuk dibunuh dengan pedang — di Eisenach dua puluh empat, di Langensalza empat puluh satu, setelah pertempuran di Frankenhaus tiga ratus, di Muehlhausen lebih dari seratus, di German dua puluh enam, di Tungeda lima puluh, di Sangenhausen dua belas, di Leipzig delapan, yang semuanya belum termasuk tindakan memotong-motong tubuh para petani dan tindakan-tindakan yang lebih moderat lainnya, seperti merampok dan membakar desa-desa maupun kota-kota.
Muehlhausen dipaksa untuk menyerahkan kemerdekaannya di bawah kaisar, dan digabungkan ke dalam wilayah Saxon, tepat seperti wilayah Biara Fulda yang digabungkan ke dalam wilayah Bangsawan Hesse.
Pangeran itu sekarang bergerak melalui hutan Thuringia, di mana para petani Franconia dari kubu Bildhaus telah bergabung dengan para petani Thuringia, dan membakar banyak istana. Pertempuran terjadi di dekat Meiningen. Para petani dikalahkan dan mundur ke arah kota, yang pintu-pintu gerbangnya ditutup buat mereka, dan bahkan mengancam akan menyerang mereka dari belakang. Dengan demikian, pasukan yang ditempatkan dalam kebimbangan oleh pengkhianatan sekutu-sekutu mereka itu, menyerah kepada pangeran, dan bubar, padahal perundingan-perundingan sedang berlangsung. Kubu Bildhaus telah lama bubar, dan dengan ini, sisa-sia dari para pemberontak di Saxon, Hesse, Thuringia dan Franconia hulu, juga binasa.
Di Alsace, pemberontakan pecah setelah gerakan dimulai di sisi kanan Sungai Rhine. Para petani di keuskupan Strassbourg bangkit paling lambat pada pertengahan bulan April. Segera setelah itu, ada pemberontakan para petani Alsace hulu dan Sundgau. Pada tanggal 18 April, sebuah kontingen dari para petani Alsace Hilir merampok biara Altdorf. Pasukan lainnya dibentuk di dekat Ebersheim dan Barr, maupun di lembah Urbis. Pasukan ini segera terpusat menjadi divisi Alsace Hilir yang sangat besar dan bergerak maju dengan cara yang sudah terorganisasikan untuk merebut kota-kota besar maupun kecil dan menghancurkan biara-biara. Satu orang dari setiap tiga orang dipanggil untuk membawa bendera atau panji-panji. Dua Belas Pasal dari kelompok ini jauh lebih radikal daripada yang ada di kelompok Suabia dan Franconia.
Sementara satu pasukan dari para petani Alsace Hilir lebih dulu memusatkan diri di dekat St. Hippolite pada awal bulan Mei, tetapi usaha untuk merebut kota itu gagal, dan kemudian, melalui kesepahaman dengan warga kotanya, dapat menduduki kota Barken pada tanggal 10 Mei, kota Rappoldtsweiler pada tanggal 13 Mei, dan kota Reichenweier pada tanggal 14 Mei, sedangkan pasukan kedua di bawah pimpinan Erasmus Gerber bergerak menyerang Strassbourg secara mengejutkan. Akan tetapi, karena usaha itu tidak berhasil, maka pasukan tersebut sekarang bergerak menuju Vosges, menghancurkan biara Mauersmuenster, dan mengepung Zabern, serta merebutnya pada tanggal 13 Mei. Dari sini mereka bergerak ke perbatasan Lorraine dan membangkitkan bagian dari daerah bangsawan yang berdekatan dengan perbatasaan itu, sambil memperkuat jalan pegunungan pada saat yang sama itu juga. Dua pasukan dibentuk di Herbolzheim di daerah Saar, dan di Neuburg, di daerah Saargemund, 4.000 orang petani Jerman-Lorraine membuat parit-parit pertahanan. Akhirnya, dua pasukan yang maju, yaitu pasukan Kolben di Vosges di daerah Stuerzelbrunn, dan pasukan Kleeburg di Weissenburg, menutup garis depan dan samping kanan, sementara samping kirinya bersambungan dengan mereka yang dari Alsace.Hulu.
Yang belakangan, yaitu mereka yang dari Alsace.Hulu, yang bergerak sejak tanggal 20 April telah memaksa kota Sulz ke dalam persaudaraan petani pada tanggal 10 Mei, kota Gebweiler pada tanggal 12 Mei, sedangkan kota Sennheim dan sekitarnya pada tanggal 15 Mei. Pemerintah Austria dan kota-kota kaisar di sekitarnya dengan segera bersatu melawan mereka, tetapi terlalu lemah untuk memberikan perlawanan yang serius, apa lagi untuk melakukan penyerangan. Oleh karena itu, di pertengahan bulan Mei, seluruh Alsace, dengan perkecualian hanya beberapa kota, jatuhlah ke tangan para pemberontak.
Akan tetapi, pasukan yang dimaksudkan untuk menghancurkan serangan para petani Alsace yang tidak beriman itu sekarang sudah mendekat. Pasukan itu berasal dari Prancis dan melakukan pemulihan kekuasaan kaum bangsawan di sini. Pada tanggal 16 Mei Bangsawan Anton dari Lorraine sudah bergerak dengan pasukannya sebanyak 30.000 orang, yang di antara mereka ada bunga-bunga dari kaum bangsawan Prancis, maupun pasukan tambahan dari Spanyol, Piedmontese, Lonibardia, Yunani, dan Albania. Pada tanggal 16 Mei ia menghadapi 4.000 orang petani di Luetzelstein yang dikalahkannya tanpa terlalu bersusah payah, dan pada tanggal 17, ia memaksa Zabern, yang telah dikepung oleh para petani, untuk menyerah. Tetapi, sekali pun orang-orang Lorraine sedang memasuki kota itu dan para petani sedang dilucuti, namun syarat-syarat penyerahan dilanggar juga. Para petani yang tidak berdaya itu diserang oleh para serdadu bayaran sehingga hampir semuanya tewas disembelih. Sisa-sisa pasukan Alsace Hilir pun bubarlah, dan Bangsawan Anton berangkat untuk menghadapi orang-orang Alsace Hulu. Yang belakangan ini, yaitu orang-orang Alsace Hulu, yang menolak bergabung dengan orang-orang Alsace Hilir di Zabern, sekarang diserang di Scherweiler oleh seluruh kekuatan dari orang-orang Lorraine. Mereka melawan dengan sangat berani, tetapi keunggulan jumlah orang yang luar biasa — 30.000 lawan 7.000 — dan pengkhianatan sejumlah ksatria, terutama pejabat Reichenweier, membuat seluruh keberanian mereka itu pun menjadi sia-sia. Mereka dikalahkan sama sekali dan bubar. Pasukan para bangsawan menundukkan seluruh Alsace dengan kekejaman seperti biasa. Hanya Sundgau yang tidak. Dengan ancaman akan memanggilnya ke negerinya, pemerintah Austria memaksa para petani untuk mengadakan perjanjian Ensisheim pada awal bulan Juni. Meskipun demikian, pemerintah segera melanggar perjanjian itu dengan memerintahkan sejumlah pengkhotbah dan pemimpin gerakan itu untuk digantung. Para petani melakukan pemberontakan lagi yang berakhir dengan dimasukkannya para petaani Sundgau ke dalam perjanjian Offenburg (pada tanggal 18 September).
Sekarang hanya tinggal laporan tentang Perang Tani di daerah Alpine yang termasuk wilayah Austria. Daerah-daerah ini, seperti halnya dengan daerah keuskupan Salzburg di dekatnya, senantiasa beroposisi terhadap pemerintah dan kaum bangsawan sejak Stara Prawa, dan doktrin-doktrin Reformasi, mendapatkan tanah yang subur di sana. Penganiayaan agama dan pajak yang keras membuat pemberontakan menjadi gawat.
Kota Salzburg, yang didukung oleh para petani dan buruh tambang, telah bersengketa dengan keuskupan di daerah itu sejak tahun 1522 dalam masalah hak-hak istimewa kota itu, termasuk kebebasan melakukan ibadah agama. Menjelang akhir tahun 1523, Uskup Agung menyerang kota itu dengan serdadu bayaran yang baru saja dibentuk, melakukan teror dengan tembakan meriam dari istana, dan menganiaya para pengkhotbah dari para penghasut bid’ah. Pada waktu yang sama, ia mengenakan pajak-pajak baru yang besar sekali, sehingga dengan demikian menjadikan kekesalan penduduk mencapai puncaknya. Dalam musim semi tahun 1525, secara serentak dengan pemberontakan di Thuringia dan Suabia-Franconia, para petani dan buruh tambang di seluruh negeri bangkit, dengan mengorganisasikan diri di bawah komandan Brossler dan Weitmoser, membebaskan kota Salzburg. Seperti para petani Jerman Barat, mereka mengorganisasikan sebuah aliansi Kristen dan merumuskan tuntutan-tuntutan mereka ke dalam empat belas pasal.
Di Styria, di Austria Hulu, di Carinthia dan Carniola, di mana maklumat-maklumat, bea-cukai, dan berbagai macam pajak baru lainnya dipaksakan, dan telah sangat melukai dan merugikan kepentingan yang paling dekat dengan nasib rakyat, para petani pun bangkit dalam musim semi tahun 1525. Mereka merebut sejumlah istana, dan di Grys, berhasil mengalahkan penakluk Stara Prawa, yaitu komandan lapangan lama, Dietrichstein. Meskipun pemerintah berhasil menenangkan sejumlah pemberontak dengan janji-janji palsunya, namun baanyak pula dari mereka yang masih tetap berkumpul dan bersatu dengan para petani Salzburg, sehingga seluruh daerah Salzburg dan sebagian besar dari Austria Hulu, Styria, Carinthia dan Camiola, tetap ada di tangan para petani dan buruh tambang.
Di Tyrol, doktrin-doktrin Reformasi juga telah mempunyai pengikutnya. Di sini bahkan lebih daripada di daerah-daerah Alpine lainnya yang termasuk wilayah Austria, para utusan Muenzer telah aktif dan berhasil. Uskup Agung Ferdinand menganiaya para pengkhotbah dari doktrin-doktrin baru itu di sini seperti di mana pun juga lainnya, dan melanggar hak-hak penduduk melalui peraturan-peraturan finansial yang sewenang-wenang. Akibatnya, pemberontakan terjadi di musim semi tahun 1525. Para pemberontak, yang dikomandani oleh pengikut Muenzer bernama Geismaier, yang merupakan satu-satunya orang berbakat militer menonjol di kalangan semua kepala petani, merebut begitu banyak istana, dan maju terus dengan bersemangat melawan para pastor, terutama di selatan dan di daerah Etsch. Para petani Vorarlberg juga bangkit dan bergabung dengan para petani Allgaeu.
Uskup Agung, yang terjepit dari segala penjuru ini, sekarang mulai memberikan konsesi demi konsesi kepada para pemberontak dalam waktu singkat sebelum ia ingin membinasakan mereka dengan cara membakar, menyiksa, merampok, dan membunuh. Ia memanggil Diet (Dewan) dari para pemilik tanah turun-temurun itu untuk bersidang, dan sambil menunggu kedatangan mereka untuk berkumpul itu, mengadakan gencatan senjata dengan para petani. Sementara itu, ia terus mempersenjatai diri dengan hebatnya, agar supaya secepat mungkin, dapat berbicara kepada mereka yang tidak beriman itu dengan bahasa yang berbeda.
Tentu saja, gencatan senjata itu tidak dipertahankan lama-lama olehnya. Dietrichstein, setelah dengan cepat kehabisan uang, mulai mengenakan sumbangan maupun pungutan di daerah-daerah kebangsawanan itu; selain itu, pasukannya yang berasal dari bangsa Slav dan Hongaria itu dibiarkan melakukan kekejaman yang paling memalukan terhadap penduduknya sendiri. Hal ini membuat orang-orang Styria melakukan pemberontakan baru. Para petani menyerang Dietrichstein di Schladming di malam hari tanggal 3 Juli dan membunuh semua orang yang tidak dapat berbicara dalam bahasa Jerman. Dietrichstein sendiri tertangkap.
Pada pagi hari tanggal 4 Juli, para petani mengorganisasikan sebuah juri untuk mengadili para tawanan, dan empat puluh tawanan dari bangsawan Kroasia dan Ceko dihukum mati. Ini ternyata sangat efektif. Uskup Agung pun segera mengabulkan semua tuntutan kelas-kelas yang berasal dari lima daerah kebangsawanan itu (yaitu, Austria Hulu dan Hilir, Styria, Carinthia dan Carniola).
Di Tyrol, tuntutan dari Diet (Dewan) juga dikbulkan, dan dengan demikian, bagian utara pun menjadi tenang. Akan tetapi, bagian selatan, yang mendesakkan tuntutan asli mereka sebagai penolakan terhadap keputusan Diet (Dewan) yang jauh lebih moderat, tetap siap dengan senjata mereka. Barulah dalam bulan Desember Uskup Agung ada dalam posisi mampu mengembalikan ketertiban melalui kekerasan. Ia sedikit pun tidak lengah untuk menghukum banyak sekali penghasut dan pemimpin pemberontakan yang jatuh di tangannya.
Sekarang, 10.000 orang Bavaria bergerak menyerang Salzburg, di bawah pimpinan Georg dari Frundsberg. Pemaksaan kekuasaan militer ini, selain menimbulkan pertengkaran yang pecah di kalangan para petani sendiri, telah membuat para petani Salzburg bersedia mengadakan perjanjian dengan Uskup Agung, yang menjadi kenyataan pada tanggal 1 Sepetember, yang akhirnya juga diterima oleh Pangeran. Meskipun ada perjanjian ini, tetapi dua pangeran lainnya, yang sementara itu telah berhasil sangat memperkuat pasukannya, segera saja melanggar perjanjian itu sehingga dengan demikian tindakan tersebut telah memaksa para petani Salzburg melakukan pemberontakan lagi. Pemberontakan-pemberontakan itu mereka lancarkan selama musim dingin. Dalam musim semi, Geismaier datang kepada mereka untuk melakukan kampanye yang sangat bagus guna melawan pasukan dari kaum bangsawan yang semakin mendesak dari setiap sisi. Dalam serangkaian pertempuran yang dahsyat dalam bulan Mei dan Juni 1526, ia mengalahkan pasukan Serikat Suabia, Austria, dan Bavaria, serta para serdadu sewaan Uskup Agung Salzburg, satu demi satu, sehingga untuk waktu yang lama ia berhasil mencegah menyatunya pasukan-pasukan itu. Ia juga masih mempunyai waktu untuk mengepung Radstdt. Akhirnya, karena terkepung oleh kekuatan yang berlimpah banyaknya, ia terpaksa mundur. Ia dengan susah payah mencari jalan ke luar dan memimpin sisa-sia pasukannya melalui pegunungan Alp yang termasuk wilayah Austria ke dalam wilayah Venesia. Republik Venesia dan Swiss menawarkan kepada pemimpin petani yang tak kenal lelah itu batu-batu loncatan untuk melakukan persekongkolan baru. Selama sepanjang tahun itu, ia masih berusaha melibatkan mereka dalam perang melawan Austria, yang tentunya akan menawarkan kepadanya suatu kesempatan untuk memulai pemberontakan petani yang baru. Meskipun demikian, tangan pembunuh telah menjangkaunya ketika perundingan-perundingan ini sedang berlangsung. Uskup Agung Ferdinand dan Uskup Agung Salzburg tidak dapat hidup tenteram selama Geismaier masih hidup. Oleh karena itu, mereka membayar seorang bandit yang dalam tahun 1527 berhasil menyingkirkan pemberontak yang berbahaya ini dari tengah-tengah kehidupan.