Docteur en philosophie, Thalheimer collabore à la presse du SPD avant la première guerre mondiale et se lie à Radek.

Il rejoint ensuite le groupe Spartakus de K. Liebknecht et R. Luxemburg, dont il sera un dirigeant. Considéré par Lénine comme le "meilleur marxiste" d'Allemagne, il va plus tard participer à la direction du P.C. allemand, et devenir conseiller de son secrétaire général Brandler. Retenu à Moscou de 1924 à 1928, il est exclu comme droitier en 1929, et fonde le KPO (P.C. d'Opposition) avec Brandler. Il sera le théoricien du nouveau parti et un ardent défenseur du front unique antinazi. Le 31 janvier 1933, il lance en vain un appel à “la réunion immédiate des chefs des syndicats, du S.P.D. et du K.P.D.” pour proclamer la grève générale.

Thalheimer meurt en exil à Cuba, empêché par les autorités alliées de rentrer en Allemagne.

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